Além das fotos, a Netflix divulgou também a sinopse da nova temporada. Após dois anos ausente, Eric aparece em um santuário natural, protegido por indígenas e procurado por garimpeiros ilegais, perto de Belém do Pará. Ele descobre que Luna e a Cuca estavam morando nas proximidades com o objetivo de trazê-lo de volta à vida. Embora queira retornar imediatamente para o Rio de Janeiro com Luna, suas habilidades sobrenaturais recém-adquiridas o tornam necessário para proteger Luna e o santuário, que descobre serem intimamente ligados.

Cidade Invisível traz uma nova visão para seres do folclore brasileiro como o Saci Pererê e o Boto-Cor-de-Rosa, com o fiscal ambiental Eric (Marco Pigoss) descobrindo que esses mitos existem ao investigar os reais motivos de um incêndio que tomou a vida de sua esposa.